Στην αρχαιότητα o «μαραθώνιος δρόμος» δεν υπήρχε ως άθλημα, αλλά και ούτε είχε θεσμοθετηθεί κάτι παρόμοιο. Η ιδέα για την καθιέρωσή του προήλθε από τον Γάλλο γλωσσολόγο και ελληνιστή Μισέλ Μπρεάλ, ο οποίος πρότεινε να συμπεριληφθεί στο πρόγραμμα των Α’ Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας, σε ανάμνηση της νίκης των Ελλήνων κατά των Περσών στον Μαραθώνα.

Ο ημεροδρόμος Φειδιππίδης ανήγγειλε στους Αθηναίους, την σπουδαία τους νίκη, «Νενικήκαμεν», προτού αφήσει την τελευταία του πνοή και αφού είχε διανύσει τρέχοντας την απόσταση από το πεδίο της μάχης στον Μαραθώνα στην Αθήνα.

Ο πρώτος Μαραθώνιος δρόμος έγινε στις 10 Μαρτίου 1896, κατά τη διάρκεια των Α’ Πανελληνίων Αγώνων Στίβου και ήταν αγώνας πρόκρισης για τους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας. Νικητής αναδείχθηκε ο Χαρίλαος Βασιλάκος με 3 ώρες και 18 λεπτά.

Ωστόσο, λίγες ημέρες αργότερα, στις 29 Μαρτίου, ο θρυλικός Σπύρος Λούης πήρε τη ρεβάνς, κερδίζοντας τον πρώτο Μαραθώνιο των Ολυμπιακών Αγώνων με επίδοση 2 ώρες, 58 λεπτά και 50 δευτερόλεπτα. Έκτοτε, ο Μαραθώνιος άρχισε να κερδίζει συνεχώς σε δημοτικότητα και σήμερα αποτελεί ένα από τα δημοφιλέστερα αθλήματα του στίβου. Οι Αγώνες Μαραθωνίου δρόμου διεξάγονται όχι μόνο στο πλαίσιο των μεγάλων αθλητικών διοργανώσεων, αλλά και μεμονωμένοι, με μαζική συμμετοχή χιλιάδων αθλουμένων σε ένα κλίμα γιορτής και συγκίνησης (Μαραθώνιος Βοστώνης, Λονδίνου, Αθήνας κλπ).

Ο πρώτος διεθνής μαραθώνιος επί της κλασικής διαδρομής έγινε στις 2 Οκτωβρίου 1955, αν και η απόφαση προϋπήρχε από το 1938. Ο αγώνας έγινε με τη συμμετοχή 21 αθλητών (12 Έλληνες, 4 Αιγύπτιοι, 2 Γιουγκοσλάβοι και από ένας Ιταλός, Γερμανός και Φινλανδός) και νικητής αναδείχθηκε ο φιλανδός Βέικο Κάρβονεν με 2:27:30.

​Η Διεθνής Ένωση Ομοσπονδιών Κλασικού Αθλητισμού (IAAF) αναγνωρίζει επίσημα παγκόσμια ρεκόρ στον μαραθώνιο, παρά τις διαφορετικές εδαφολογικές συνθήκες που επικρατούν σε δημόσιους ασφαλτοστρωμένους δρόμους. Στους άνδρες, το παγκόσμιο ρεκόρ κατέχει ο Κενυάτης Kelvin Kiptum με χρόνο 2 ώρες και 35 δευτερόλεπτα, επίδοση που σημείωσε στις 8 Οκτωβρίου 2023 στον Μαραθώνιο του Σικάγο. Στις γυναίκες, η Κενυάτισσα Ruth Chepngetich κατέρριψε το παγκόσμιο ρεκόρ με χρόνο 2 ώρες, 9 λεπτά και 57 δευτερόλεπτα στον ίδιο μαραθώνιο, καταρρίπτοντας το προηγούμενο ρεκόρ κατά σχεδόν δύο λεπτά.

Όσον αφορά τα ελληνικά ρεκόρ, στους άνδρες, ο Σπύρος Ανδριόπουλος (ΑΠΣ Πάτραι) διατηρεί το πανελλήνιο ρεκόρ με χρόνο 2 ώρες, 12 λεπτά και 4 δευτερόλεπτα, επίδοση που πέτυχε στις 9 Οκτωβρίου 1988 στον Διεθνή Μαραθώνιο του Βερολίνου. Στις γυναίκες, η Μαρία Πολύζου (Πανελλήνιος ΓΣ) κατέχει το πανελλήνιο ρεκόρ με χρόνο 2 ώρες, 33 λεπτά και 40 δευτερόλεπτα, επίδοση που σημείωσε στις 23 Αυγούστου 1998.